COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 19.579563 19.579563 17.583666
2021-02-28 17:00:00 16.711185 16.711185 17.298704
2021-02-27 17:00:00 17.164843 17.164843 17.052026
2021-02-26 17:00:00 18.988995 18.988995 16.885627
2021-02-25 17:00:00 19.084453 19.084453 16.623578
2021-02-24 17:00:00 15.522896 15.522896 16.298046
2021-02-23 17:00:00 14.933375 14.933375 15.945520

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 5.097989 9.268446
2021-02-28 17:00:00 4.203633 4.203633 9.059197
2021-02-27 17:00:00 7.593583 7.593583 9.328044
2021-02-26 17:00:00 12.965668 12.965668 9.491143
2021-02-25 17:00:00 19.241983 19.241983 9.854652
2021-02-24 17:00:00 12.611047 12.611047 10.046178
2021-02-23 17:00:00 11.334746 11.334746 10.190486

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 8.508225 11.343196
2021-02-28 17:00:00 7.129278 7.129278 11.229795
2021-02-27 17:00:00 11.373874 11.373874 11.299963
2021-02-26 17:00:00 13.714286 13.714286 11.403740
2021-02-25 17:00:00 13.509317 13.509317 11.805982
2021-02-24 17:00:00 16.358839 16.358839 12.011762
2021-02-23 17:00:00 18.281938 10.407489 12.123269

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 7.041268 7.949529
2021-02-28 17:00:00 10.965868 10.965868 7.782133
2021-02-27 17:00:00 9.667674 9.667674 7.756236
2021-02-26 17:00:00 8.151700 8.151700 7.848858
2021-02-25 17:00:00 8.992537 6.473881 7.872234
2021-02-24 17:00:00 8.279983 8.279983 7.890582
2021-02-23 17:00:00 11.834823 7.237122 7.887204

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 14.072067 15.756184
2021-02-28 17:00:00 20.148778 20.148778 15.358985
2021-02-27 17:00:00 14.674536 14.674536 15.094632
2021-02-26 17:00:00 15.083418 15.083418 14.789420
2021-02-25 17:00:00 18.623392 18.623392 14.586600
2021-02-24 17:00:00 15.792610 15.792610 14.294113
2021-02-23 17:00:00 16.280456 16.280456 14.021094

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 39.146819 37.024559
2021-02-28 17:00:00 68.558606 68.558606 37.013538
2021-02-27 17:00:00 35.251216 35.251216 36.496183
2021-02-26 17:00:00 33.272251 33.272251 35.629362
2021-02-25 17:00:00 36.965260 36.965260 35.232166
2021-02-24 17:00:00 28.843500 28.843500 34.532525
2021-02-23 17:00:00 22.643605 22.643605 33.478521

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 7.297412 15.842708
2021-02-28 17:00:00 18.756816 18.756816 15.354947
2021-02-27 17:00:00 18.522542 18.522542 15.436236
2021-02-26 17:00:00 18.787635 18.787635 15.155106
2021-02-25 17:00:00 16.678546 16.678546 14.995922
2021-02-24 17:00:00 19.688671 19.688671 14.649411
2021-02-23 17:00:00 15.978399 15.978399 14.313278

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 5.591709 6.149846
2021-02-28 17:00:00 9.786277 5.740680 6.080606
2021-02-27 17:00:00 6.818182 6.818182 6.116836
2021-02-26 17:00:00 7.032106 7.032106 6.059389
2021-02-25 17:00:00 8.462554 5.751677 6.034907
2021-02-24 17:00:00 16.893073 7.345029 6.007205
2021-02-23 17:00:00 5.912213 5.912213 5.962520

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 11.787145 12.205816
2021-02-28 17:00:00 13.739440 13.739440 12.499683
2021-02-27 17:00:00 12.326044 12.326044 12.602408
2021-02-26 17:00:00 13.033791 13.033791 12.710957
2021-02-25 17:00:00 13.764706 13.764706 12.644462
2021-02-24 17:00:00 14.814815 10.127827 12.591953
2021-02-23 17:00:00 10.074231 10.074231 12.478527

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 16.549105 26.372418
2021-02-28 17:00:00 28.162512 28.162512 26.432968
2021-02-27 17:00:00 26.627933 26.627933 26.356797
2021-02-26 17:00:00 31.014579 31.014579 26.149423
2021-02-25 17:00:00 30.256955 30.256955 25.951165
2021-02-24 17:00:00 27.240627 27.240627 25.671326
2021-02-23 17:00:00 26.376604 26.376604 25.289067

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf NaN 15.843261
2021-02-28 17:00:00 24.545955 24.545955 15.729274
2021-02-27 17:00:00 22.826087 22.826087 15.419723
2021-02-26 17:00:00 13.491124 13.491124 15.252929
2021-02-25 17:00:00 19.741007 19.741007 15.147869
2021-02-24 17:00:00 13.013333 13.013333 14.783628
2021-02-23 17:00:00 17.721519 17.721519 14.577419

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf NaN 8.324635
2021-02-28 17:00:00 18.303571 18.303571 8.533776
2021-02-27 17:00:00 13.846154 6.346154 8.468104
2021-02-26 17:00:00 8.213820 8.213820 8.495275
2021-02-25 17:00:00 12.805474 12.805474 8.729900
2021-02-24 17:00:00 8.632138 8.632138 9.023526
2021-02-23 17:00:00 9.090909 9.090909 9.181397

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 80.756014 75.824867
2021-02-28 17:00:00 63.350785 81.018519 75.631105
2021-02-27 17:00:00 52.314815 52.314815 74.874399
2021-02-26 17:00:00 75.714286 75.714286 74.767856
2021-02-25 17:00:00 69.721116 69.721116 75.629446
2021-02-24 17:00:00 80.135440 80.135440 75.562152
2021-02-23 17:00:00 80.498866 80.498866 75.327818

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 88.274045 88.752171
2021-02-28 17:00:00 15.489130 89.402174 90.571674
2021-02-27 17:00:00 74.772727 74.772727 90.391948
2021-02-26 17:00:00 59.098787 92.663043 89.987341
2021-02-25 17:00:00 89.769821 89.769821 89.592564
2021-02-24 17:00:00 114.366197 114.366197 89.729767
2021-02-23 17:00:00 88.366337 88.366337 88.833548

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 15.938729 18.020789
2021-02-28 17:00:00 25.920108 25.920108 17.971829
2021-02-27 17:00:00 18.969506 18.969506 17.732089
2021-02-26 17:00:00 17.064062 17.064062 17.443336
2021-02-25 17:00:00 16.592367 16.592367 17.286526
2021-02-24 17:00:00 19.306865 19.306865 17.063224
2021-02-23 17:00:00 18.205739 18.205739 16.720432

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 24.200805 25.236854
2021-02-28 17:00:00 21.986063 21.986063 25.371135
2021-02-27 17:00:00 53.262519 53.262519 25.658459
2021-02-26 17:00:00 23.528179 23.528179 25.474530
2021-02-25 17:00:00 23.101067 23.101067 25.242688
2021-02-24 17:00:00 28.430648 28.430648 24.914413
2021-02-23 17:00:00 22.589469 22.589469 24.662756

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 2.277904 3.222494
2021-02-28 17:00:00 3.602882 2.324380 3.393026
2021-02-27 17:00:00 3.725206 3.725206 3.523360
2021-02-26 17:00:00 3.878734 3.878734 3.605255
2021-02-25 17:00:00 3.899721 3.899721 3.610669
2021-02-24 17:00:00 4.132231 4.132231 3.765741
2021-02-23 17:00:00 3.225806 3.225806 3.890285

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 9.564782 9.892019
2021-02-28 17:00:00 9.719398 9.719398 9.870007
2021-02-27 17:00:00 9.320988 9.320988 9.816861
2021-02-26 17:00:00 10.349650 10.349650 9.825163
2021-02-25 17:00:00 11.571572 11.571572 9.727513
2021-02-24 17:00:00 11.343449 8.845300 9.630924
2021-02-23 17:00:00 10.662994 10.662994 9.529530

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 8.295498 8.982832
2021-02-28 17:00:00 12.183940 12.183940 8.896880
2021-02-27 17:00:00 9.579334 9.579334 8.833260
2021-02-26 17:00:00 9.071866 9.071866 8.762833
2021-02-25 17:00:00 10.627119 7.953390 8.698241
2021-02-24 17:00:00 10.918627 7.573109 8.640830
2021-02-23 17:00:00 8.574287 8.574287 8.563558

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 26.380697 23.782414
2021-02-28 17:00:00 58.088235 8.681319 24.212149
2021-02-27 17:00:00 65.432099 22.734584 24.544469
2021-02-26 17:00:00 25.274725 25.274725 25.424812
2021-02-25 17:00:00 31.765835 31.765835 25.924345
2021-02-24 17:00:00 27.958115 27.958115 26.545052
2021-02-23 17:00:00 27.443609 27.443609 27.326337

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 2.575107 5.760104
2021-02-28 17:00:00 7.142857 7.142857 6.210725
2021-02-27 17:00:00 18.032787 4.098361 6.225591
2021-02-26 17:00:00 6.666667 6.666667 6.191181
2021-02-25 17:00:00 11.206897 11.206897 6.295996
2021-02-24 17:00:00 2.061856 2.061856 6.515879
2021-02-23 17:00:00 11.965812 11.965812 6.860716

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-01 17:00:00 inf 19.121611 30.091480
2021-02-28 17:00:00 34.795153 34.795153 29.563614
2021-02-27 17:00:00 30.417362 30.417362 29.330555
2021-02-26 17:00:00 32.830864 32.830864 29.664066
2021-02-25 17:00:00 35.244671 35.244671 29.404657
2021-02-24 17:00:00 30.325581 30.325581 29.376539
2021-02-23 17:00:00 27.022947 27.022947 28.854120

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo inf 5.097989 9.268446
Basilicata inf 8.508225 11.343196
Calabria inf 7.041268 7.949529
Campania inf 14.072067 15.756184
Emilia-Romagna inf 39.146819 37.024559
Friuli Venezia Giulia inf 7.297412 15.842708
Lazio inf 5.591709 6.149846
Liguria inf 11.787145 12.205816
Lombardia inf 16.549105 26.372418
Marche inf NaN 15.843261
Molise inf NaN 8.324635
P.A. Bolzano inf 80.756014 75.824867
P.A. Trento inf 88.274045 88.752171
Piemonte inf 15.938729 18.020789
Puglia inf 24.200805 25.236854
Sardegna inf 2.277904 3.222494
Sicilia inf 9.564782 9.892019
Toscana inf 8.295498 8.982832
Umbria inf 26.380697 23.782414
Valle d'Aosta inf 2.575107 5.760104
Veneto inf 19.121611 30.091480

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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